انتقد المهندس الاستشارى والناشط السياسى ممدوح حمزة، التحالف القائم بين حركة 6 أبريل وبين الإخوان المسلمين، قائلا "إنهم سقطوا فى قبضة الإخوان"، وأضاف أن "العلاقة المستترة بين 6 أبريل والإخوان ظهرت عند اللزوم"، مبديا قلقه من هذا التحالف، ووصفه بأنه "غير مفهوم، للاختلاف الكبير بين أفكار كل طرف"، وتساءل "كيف من ينادون بالليبرالية والحريات أن يتفقوا مع أفكار الإخوان المنغلقة".
وأضاف حمزة، خلال لقائه مع الإعلامية لميس الحديدي في برنامج "كرسي في الكلوب" على قناة "سي بي سي"، أنه "تم تسليم السطة من قبل العسكري للإخوان، وأن الاشتباك بينهما "أمر مستبعد"، وأوضح أن بداية تسليم العسكرى للسلطة وبداية العلاقة التي وصفها بأنها "سمن على عسل" جاءت بلجنة تعديل الدستور برئاسة البشرى، "وتقديمه على أساتذة لهم باع فى هذا المجال"، والتى وصف ميولها بـ"الأخوانية"، وهنا "ظهر انحياز العسكرى للإخوان وكذب الادعاء بأنه على مسافة واحدة من كل التيارات".
ونفى حمزة تأييده للفريق أحمد شفيق في الانتخابات الرئاسية، واعترف أنه "ضد الإخوان"، بخاصة أنه كان لا يفضل أن ينالوا على الرئاسة والبرلمان، مشيرا إلى أنه "لا توجد ائتلافات الثورة الآن بخاصة بعد الثورة".
ورفض حمزة بشدة سؤال الحديدي له عن حصوله على تمويل خارجي، حيث قال إنها "إهانة لا أقبلها"، وأضاف "ليس وطنيا من يفعل ذلك، وأحتقر أى جهة تأخذ تمويلا من الخارج في عمل سياسي".
وأبدى حمزة أسفه على الاتهامات والمؤمرات التى تحاك ضده قبل وبعد الثورة، وأوضح أن الاتهامات الموجهة ضده بحرق المجمع العلمي والتحريض على الدعوة للإضراب العام "تؤكد دعم مؤسسات الدولة لها"، لأنها موجهة بحرفية للنيل منه، مشيرا إلى أنه يتعرض لـ"كراسى فى الكلوب" منذ قضية لندن، التى انتزعته من وطنه وكيانه وعرضت أسرته للانهيار، وقال إنه كانت هناك تعليمات بعدم التعامل مع مكتبه منذ 2006 ولم يستبعد ذلك فى النظام الجديد، موضحا أن ما يقوم مكتبه بتنفيذه من أعمال ينفذه الغرب بستة أضعاف التكلفة.